太空科技南方中心由深圳市政府和中国航天员科研训练中心共同建设，位于广东省深圳市。太空科技南方中心努力打造国家载人航天事业的服务平台、国家级航空航天技术创新载体、航空航天技术成果转化中心和中国航天员科研训练南方基地。

太空科技南方中心参照光启研究院的模式，按照"政府引导、市场运作、企业管理"的原则，采用南方中心、太空科技南方研究院和科技投资公司"三位一体"的模式运营。

其中，太空科技南方中心属于深圳市二类事业单位，代表深圳市政府作为太空科技南方研究院的发起人；太空科技有限公司由国有企业和民营主体共同发起设立，主要为南方研究院提供一定资金支持；太空科技南方研究院为太空科技南方中心和太空科技有限公司发起成立的民办非营利性科研机构，下设环境控制与生态技术、航天健康监测技术应用等国家工程实验室，承担航天科技研究、技术孵化、技术服务、项目承揽等功能。